По словам заместителя начальника отдела по антикоррупционной политике главы РТ Рустама Гаязова, проблемы были выявлены при проверке состояния плавсостава. Одно судно «Метеор» оказалось в неработоспособном состоянии, другое лишилось как двигателя, так и винтов, а почти затопленное судно стоит в Чистополе.
Для того чтобы вернуть суда в эксплуатацию, потребуются значительные финансы. Более 1 млрд рублей было потрачено на приобретение новых судов — они находятся в исправном состоянии и регулярно выходят в рейсы.
Кроме того, в компании были обнаружены и другие нарушения. «Флот РТ» заключал договора на ремонт судов с индивидуальными предпринимателями по завышенным тарифам. Один из таких контрактов составлял 11 млн рублей, при этом стоимость была завышена на 7,8 млн рублей.